保护区内动植物资源非常丰富,鸟类有313种,
鸟类中属于国家一级保护鸟类11种,国家二级保护鸟类44种,其中以天鹅为最多,属于中日候鸟保护协定中的保护鸟类有153种,占该协定中鸟类总数的67.4%;属于中澳候鸟保护协定中的鸟类有46种,占该协定中鸟类总数的56.8%。
鄱阳湖国家级自然保护区不但是白鹤的主要越冬地(93年12月6日仅在大湖池一处就统计到白鹤2892只,占全世界白鹤的98%),而且也是其他鹤类、鹳类、天鹅等水禽候鸟的重要越冬地,同时还是鹭类、部分野鸭和雀形目鸟类的繁殖地和迁徙鸟类的重要驿站和中途食物补给地。保护区正在为实现“永久性保护和维持以白鹤为主的迁徙水禽及其栖息地完整性,开展与生物多样性保护和谐一致的自然资源持续利用”的总目标努力奋斗。
每年的11月至翌年3月是观鸟的季节,吸引了许多游客和外国人到保护区观鸟。